Peu de temps après, en 1223, le pape Honorius confirma la dernière règle de l'ordre des frères mineurs, et lorsque François mourut, trois ans plus tard (1226), la flamme qu'il avait allumée s'était déjà propagée chez des dizaines de milliers d'hommes et de femmes. Ce qu'il avait apporté, c'était en quelque sorte la doctrine des hérétiques sous une forme canonique. La première apparition de François sur la scène européenne s'apparente en effet étroitement dans l'ensemble à celle des hérétiques, des "pauvres de Lyon" aussi bien que des Albigeois, contre lesquels, en Provence, l'Eglise menait depuis des années une guerre sanglante. Dangereuse doctrine que celle que les hérétiques avaient répandue et qui pouvait se résumer dans cette recommandation de mauvais aloi: "On doit obéissance à Dieu plus qu'aux hommes." En outre, cette doctrine prônait la communion de l'âme avec Dieu, sans la médiation des prêtres romains et sans les sacrements. Et c'était précisément pour la combattre qu'Innocent III avait donné plus de grandeur à la situation des prêtres et restauré le principe selon lequel le laïc ne peut se passer de la médiation du prêtre. Saint François se distinguait cepandant des hérétiques dans la mesure où lui, qui en vérité avait moins que quiconque besoin du prêtre, reconnaissait la médiation de celui-ci comme fondée en droit. N'alla-t-il pas jusqu'à mettre au service de l'Eglise ces "tendances hérétiques" en faisant en personne le sacrifice de se soumettre aux nécessités de l'Eglise pontificale universelle?

François d'Assise a été canonisé en 1228, peu d'années après sa mort. Innombrables furent les miracles qu'il accomplit. Le miracle qui nous intéresse ici semble dépourvu de magie céleste et d'éclat séraphique. Il montre François comme un homme, et un homme dans sa plénitude, aujourd'hui presque oublié au profit du tendre visionnaire, aimant et enfantin. C'est cette dernière image qui a prévalu en dépit de l'interdiction qu'il fit aux frères de lire les Ecritures saintes pour leur beauté — la sainteté étant au-delà du beau et du laid —, et en dépit de son appartenance à cette catégorie de grands hommes pour qui la félicité s'identifie à la discipline, à la rigueur et à la dureté à l'égard de la "chair vénale".

Les stigmates du Seigneur qu'il portait sur le corps lui furent moins douloureux et moins pénibles que la formidable pression qu'on exerça sur lui pour le contraindre à faire entrer dans le cadre fixe et rigide de la hiérarchie romaine son âme libre de visionnaire, resté en étroite communion avec Dieu. François d'Assise accepta volontairement ce climat de tension auquel les hérétiques se soustrayaient en constituant des groupes à l'extérieur de l'Eglise, bien qu'il l'éprouvât plus profondément et qu'il en souffrît plus que les autres. Il savait en effet que l'union personnelle et directe de l'âme avec Dieu est bien la chose la plus sublime, mais n'en considérait pas moins que l'Eglise romaine pontificale était l'instrument nécessaire. Aucun de ses contemporains ne fut aussi porteur de ces forces capables de désagréger l'Eglise que François. Bien qu'il eût voulu d'abord tout ignorer de la hiérarchie, qu'il eût interdit à chacun de recevoir d'elle privilèges et fonctions ecclésiastiques, il a néanmoins reconnu, au contraire des hérétiques, la seule et unique Eglise universelle et il a plié son esprit libre, panthéiste et proche de la nautre aux lois étroites et sévères de la hiérarchie. Parallèlement, son alter ego temporel, Frédéric II, s'apprêtait à susciter dans l'ordre terrestre l'affrontement direct de l'individu et de l'Empire romain universel. Avec Dante naquit l'homme qui allait consciemment éprouver cette double tension, vivre ce double conflit.

Ernst Kantorovicz, L'Empereur Frédéric II, p.155